Сальвадор нередко называют «краем озёр и вулканов». Основная часть его территории представляет собой вулканическое нагорье, высотой 600—700 м над уровнем моря. Над нагорьем вздымаются две параллельные цепи вулканов. Северная, более низкая, состоит из потухших вулканов; южная — из действующих. Самый высокий из них — Санта-Ана (на западе страны) достигает высоты 2381 м. Почти непрерыно действующий с XVIII-го века вулкан Исалько (1885 м) называют «маяком Сальвадора» — по ночам зарево над ним видно с кораблей, проходящих далеко в океане. Частые извержения вулканов и землетрясения причиняют немалый ущерб населению и экономике страны.

Горный остров страны круто обрывается на юг к протянувшейся вдоль тихоокеанского побережья полосе низменности шириной 10-30 км. К северу от нагорья почти параллельно побережью лежит глубокая (350—450 м) тектоническая впадина — долина реки Лемпы. После поворота Лемпы на юг эта впадина, постепенно понижаясь, продолжается дальше на юго-восток к заливу Фонсека.