Климат экваториальный и субэкваториальный, пассатно-муссонного типа. Сезонные колебания температуры незначительны. Среднемесячные температуры — 26-33°. Здесь часто идут обильные дожди, Наиболее влажный месяц — апрель. Осадков выпадает от 2250 мм до 3000-6000 мм (в горах на острове Кусапе) в год. Часть Тихого океана, где находится Микронезия, является областью зарождения тайфунов(страшных сезонных циклонов) в среднем бывает до 25 тайфунов в год. Сезон тайфунов — с августа по декабрь. Для тайфунов характерен разрушительный ураганный ветер, скорость которого достигает 240 километров в час.

Вечнозелёные тропические леса, саванны; на крупных коралловых островах преобладают кокосовая пальма и панданус.